El Municipio de San Juan del Río conmemoró la distinguida labor del Doctor Rafael Ayala Echavarrí, lo recordó de manera póstuma el legado de este gran sanjuanense que llegó a ser un orgullo, teniendo la donación de sus archivos personales que guardan gran riqueza histórica y humanitaria en el archivo histórico municipal.
Desde la voz del cronista, Neftalí Sáenz Bárcenas se recordó la vida y su gran trayectoria del odontólogo, tanto escolar y laboral, se distinguió por su relevante labor académica en las Cátedras de la Autonomía Dental y Técnicas, Radiología y Radiodoncia, en la Escuela Nacional de Odontología.
El cronista mencionó de igual manera, Rafael Ayala siempre se preocupó por el bienestar de la juventud y dio su apoyo más allá de su Escuela Nacional de Odontología, siendo una guía intelectual y moral de profesores rurales, médicos cirujanos, veterinarios, artistas, escritores, pintores, poetas y muchos más.
Manuel Anaya, hijo del destacado doctor expresó que describir a su padre es manifestar orgullo, sabiduría y sobre todo bondad; pues siempre en su hogar se dieron a la tarea de ayudar al prójimo, el cual ahora es testigo que la historia de su padre quedará en el municipio que tanto amó.
Por otro lado, otra de las características que marcaron al honorable Rafael Ayala fue el gran cariño que le tenía al municipio que lo vio nacer, es por eso que se convirtió en un extraordinario bibliógrafo y con respecto a su estado de origen, en 1947 escribió la Biografía de la Primera Imprenta que se estableció en la ciudad de Querétaro.
Hoy en día, el municipio lo recuerda y conmemora, teniendo su nombre en calles del municipio, como la Avenida Centra Dr. Rafael Ayala Echeverrí, mejor conocido como Paseo Central, asimismo una calle en la colonia Centro, entre Constituyentes y Pino Suárez Norte, e instituciones educativas que también llevan su nombre.