Un grupo de alrededor 15 personas no pudieron emitir su voto debido a que llegaron tarde a la casilla 627 que se localizaba en el Colegio de Bachilleres del estado de Querétaro (Cobaq) 18, en la zona oriente de San Juan del Río, y derivado de ello se registró una leve confrontación con los funcionarios de casillas.
Los ciudadanos argumentaron que por diferentes circunstancias no pudieron acudir en el marco que se estableció para ejercer sus derechos, es decir de 8:00 a 18:00 horas, y al manifestarse pensaron que se les daría acceso a la institución donde se ubicaba la casilla.
Los ánimos se empezaron a encender y derivado de esto arribaron los elementos de la Guardia Nacional y de la Secretaría de Seguridad Publica de San Juan del Río, quienes lograron dispersar a las personas explicándoles sobre los lineamientos que establece el Instituto Nacional Electoral (INE).
Posteriormente los representantes de casillas dieron paso a sus procedimientos regulares, es decir, al conteo de los votos para que posteriormente se suban a la plataforma de las instancias electorales.