La Jornada Electoral arrancó con múltiples problemas debido a que diversas casillas, retrasaron su apertura por el conteo de actas inicial, por parte de los funcionarios de casilla, hecho por el que en muchos de los casos, esta actividad ocasionó que las puertas se abrieran hasta dos horas después de lo que se tenía estipulado, motivando la molestia en las personas que acudieron a ejercer su derecho y que se habían formado desde las 7:30 de la mañana, logrando votar pasadas las 10:30 de la mañana.
Algunas de las casillas que mostraron estos conflictos fueron en la sección 210 y 212, hecho que además generó aglomeraciones de personas, misma que se prolongó durante varias horas, considerando que a la casilla, podían entrar solo dos personas, esto como parte de las medidas para evitar contagios por Covid-19.
La conjunción de situaciones, derivó en largas filas que provocaron el desencanto de muchos votantes, que prefirieron retirarse sin ejercer su derecho a elegir a sus representantes, debido a la tardanza muchos de ellos afirmando que tenían que trabajar y solo se les había otorgado una hora para emitir su voto, rebasando por mucho este espacio de tiempo y salieron de la fila.
Es importante señalar que la candidata a la gubernatura de Querétaro por Movimiento Ciudadano, Beatriz León Sotelo, acudió en punto de las 9:30 de la mañana, a la sección 210, sitio en el que debió esperar poco más de una hora y media para colocar el sufragio dentro de las urnas y donde señaló que a pesar del problema, la jornada se vivía en paz y calma.
Transcurrida la tarde, la jornada se fue normalizando, sin que se reportaran problemas, hecho que fue celebrado por candidatos a los diferentes puestos de elección popular que mediante sus diferentes plataformas digitales, hicieron saber que lo más importante era que se venciera al abstencionismo y así ganara Pedro Escobedo.