Gracias al interés, trabajo, gestiones y visión de personajes sanjuanenses como el Lic. Felipe Muñoz Gutiérrez, el 23 de abril de 1987 se logró la inauguración de la Escuela de Bellas Artes, actualmente Facultad de Bellas Artes, con cursos de educación continua, institución en la que varias generaciones de sanjuanenses se han formado en las diferentes expresiones artísticas.
Entre algunos de los datos que el cronista de San Juan Neftalí Sáenz ha logrado recabar sobre sus inicios, destaca el gran apoyo que la Universidad Autónoma de Querétaro, en ese tiempo en la rectoría del abogado Braulio Guerra y como director de Bellas Artes el Mtro. Adalberto Martínez, dieron para la instalación de Bellas Artes, la segunda Facultad en la extensión San Juan del Río.
En ese marco hubo varios recitales con la participación de reconocidos artistas, cita el cronista, como del pedagogo, organista, pianista y clavecinista chileno radicado en Querétaro, Gastón Lafourcade, así como del Mtro. Vicente López Velarde, conciertos de piano y grupos de cámara que deleitaron en ese entonces a la sociedad sanjuanense.
Durante los treinta y cuatro años de historia, de formar en las artes a niños, jóvenes y adultos, la actual Facultad de Bellas Artes ha contado con reconocidos maestros como Miguel Muñoz, Francisco Escobedo Pech, Marianto Ramírez, Restituto Rodríguez, y Gilberto Ugalde Álvarez, quien además, desde hace 32 años funge como coordinador de la citada Facultad.
Hasta la fecha se ha destacado por la profesional educación continua de las bellas artes a cargo de profesores expertos que le han dado renombre a la citada institución, y que han logrado que varios de sus alumnos desataquen en diferentes niveles.