Entre los importantes acontecimientos que en nuestra ciudad sucedieron en el mes de junio, además de la fundación de San Juan del Río, en el año 1531, otros sucesos forman parte de la historia, uno de éstos es la creación del Archivo Histórico Municipal inaugurado el 24 de junio de 1990.
Cabe destacar tanto la visión del entonces presidente municipal, el antropólogo Jaime Nieto Ramírez para la creación del Archivo Histórico, como el trabajo que realizó Beatriz Cuéllar Quiroz, a quien le encomendó el rescate de los documentos, que en montones de atados y cajas se encontraban en el sótano del Centro Cultural y de Convenciones “José Ma. Morelos y Pavón”, logrando el ordenamiento de los importantes documentos que siguen siendo referente para investigadores, historiadores y académicos, y para quien desee consultar parte de la historia de esta tierra.
El Archivo Histórico resguarda 18 Fondos Documentales, desde Actas de Cabildo que datan de 1822 a 1991, hasta temas relacionados con: Presidencia, Justicia, Tesorería, Registro Público de la Propiedad, Registro de Presos, Compra Venta de Ganado, Feria de San Juan, Juegos Florales, documentos varios de Registro Civil, entre otros. En el edificio del Centro Histórico y Cultural tuvo su primera sede, actualmente se encuentra en el Portal del Diezmo.
Resulta importante también citar que el Archivo es “una fuente documental histórica muy rica para estudiar diferentes aspectos de la vida social, política, cultural y económica, sobre todo de San Juan del Río”, cita el cronista municipal Neftalí Sáenz, quien además apunta que contiene también información importante referente al desarrollo del estado de Querétaro y de la región centro y bajío del país, incluso, cita, datos que no se han encontrado en el Archivo Histórico del Estado de Querétaro. (Fuente: Libro Crónica de San Juan del Río).