La fundación del ex convento y Templo de Santo Domingo se remonta al año 1690, la cual se hizo por despachos y licencias del Exmo. Sr. Virrey don Melchor Portacarrero Lasso de la Vega, Conde de Monclova, dirigidos al M. R. P. fray Felipe Galindo Chávez. “Pertenecía este convento a la Santa Provincia de Santiago de Predicadores, denominándose Convento de la Preciosa Sangre de Nuestro Señor Jesucristo de San Juan del Río”, menciona el Dr. Rafael Ayala en el libro de su autoría “San Juan del Río Geografía e Historia”.
Para 1728 el P. Fray José Arziniega es nombrado prior del nuevo convento y a la vez, responsable de la construcción de la obra la que es consagrada el día primero de agosto de 1734; menciona en sus apuntes sobre el tema, el abogado Francisco Pájaro quien también refiere que de este lugar es de donde partieron los misioneros dominicos que evangelizaron la Sierra Gorda de Querétaro y que propiciaron el desarrollo de esa región.
Sobre detalles del “Conjunto Conventual de Santo Domingo” -explica- tiene forma de cruz latina, “en el retablo principal se aprecia una hermosa imagen de Cristo Crucificado hecho de pasta de caña de maíz, esta imagen es la titular del templo; en el lado izquierdo del mismo retablo se aprecia la imagen de Santo Domingo de Guzmán”.
La hermosa fachada es de cantera morena sanjuanense, en la parte central se encuentra la imagen de un Santo Cristo, y los escudos de la Orden de Predicadores, el de los Franciscanos y el de la Santa Inquisición se aprecian en la parte superior, así como imágenes en cantera de Santo Domingo, San Francisco de Asís, San Agustín y San Pedro Nolasco, que mas reciente fueron colocados en los nichos que estaban vacíos.
“Con la promulgación de las Leyes de Reforma, los dominicos fueron exclaustrados, el templo pasó a la atención de la Diócesis de Querétaro y el convento pasó a manos de la federación para que en el año de 1870 se le entregue en comodato al Ayuntamiento de la Ciudad”, espacio que hasta la fecha es ocupado por oficinas del gobierno municipal.