Durante el gobierno que encabezó el Ing. Leopoldo Peralta Navarrete, se lanzó la convocatoria para la elaboración del Escudo de San Juan, concurso en el que resultó ganadora la propuesta presentada por el Dr. Héctor Rojas López, quien participó con el seudónimo “Galeno”, autorizando hacerle algunas adaptaciones para concluir en el que tenemos hasta la actualidad.

Entre los apuntes del cronista, Neftalí Sáenz, escribe sobre el tema: Este escudo se compone de un blasón tradicional acompañado de un par de cenefas que descienden desde la parte superior y se unen en la parte central interior. El escudo de San Juan del Río es un compuesto, de tipo español, que así como el portugués y flamenco (países que recibieron influjo español) es redondeado en la base con la forma de un arco de medio punto invertido.

El blasón se divide en tres cuarteles que contienen aspectos representativos del municipio: en el medio superior se ubica la imagen del Santo Patrono San Juan Bautista representado en medio cuerpo; luego, simbolizando el devenir histórico, está el puente de cinco arcos: el gran puente de piedra representando la fundación, la evangelización y el desarrollo durante el virreinato.

El medio inferior se divide, a su vez, en dos cuarteles que representan el momento previo a la evangelización: a la siniestra se ubica la rodela otomí que simboliza nuestras raíces prehispánicas, cuando los españoles llegaron a Iztacchichimecapan (antiguo nombre de San Juan del Río, a la conquista. A la diestra la representación del Reino de España como significado de quienes fundan el pueblo. En la parte baja del blasón se ubica un gallardete que lleva inscrito el nombre del municipio: San Juan del Río.