Es el edificio que conocemos como Centro Histórico y Cultural, el cual, según datos del ilustre sanjuanense Dr. Rafael Ayala, menciona en su libro “San Juan del Río Geografía e Historia” que posiblemente fue edificado en el siglo XVI en donde se encontraban las Casas reales y la Cárcel; mientras que a través de estudios de investigación con documentos del Archivo, se tiene conocimiento de que en el siglo XVI se instalan las oficinas de la Prefectura Municipal ocupando la parte que estuvo destinada al Museo y oficina principal.
Su fachada original conserva el remate que sirve para descansar el asta bandera encontrándose pintada un águila imperial, según un documento fechado el mes de mayo de 1893, cita que se pagaron dos pesos por la pintura utilizada. Ha tenido varias composturas y remodelaciones según las necesidades de cada época. En una de las vigas del techo de la entrada principal se observa una fecha: Diciembre 1825.
La “Cárcel Nacional”, llamada así a principios del siglo pasado, “sirvió como Escuela de Alfabetización ya que estando recluido un maestro de primaria Sr. J. C. Solís decide ocupar su tiempo en la enseñanza y solicita a las autoridades municipales y Dirección General de educación primaria, el material necesario para que los 30 alumnos presos entre 19 y 58 años de edad que por razones diferentes ingresaron en noviembre de 1923 recibieran instrucción escolar, concluyendo sus estudios a fines del siguiente año”, se lee en la historia que se encuentra en el mismo edificio.
Tiempo después y al encontrarse vacío y semidestruido el edificio, en la administración municipal que en 1983 encabezó el Ing. Leopoldo Peralta Navarrete, inauguró ahí la Casa de Artesanías con el objetivo de exhibir productos propios de la región.
Posteriormente, como Presidente Municipal 1990-1991, el Dr. Jaime Nieto Ramírez, rescató el edificio y logró consolidarlo ante autoridades estatales y municipales la estructura cultural, “adoptando ante el H. Cabildo las medidas necesarias para asegurar la continuidad de los espacios abiertos a los sanjuanenses declarando su inafectabilidad el 24 de junio de 1991”, y se inaugura como Centro Histórico y Cultural de San Juan del Río.
En los diferentes espacios del edificio se encontraba el Museo “Iztacchichimecapan Nuestras Raíces”, así como el Archivo Histórico Municipal, la primera Biblioteca Pública Municipal, además de un centro de cómputo e internet, foro abierto, la librería “Dr. Rafael Ayala”, oficinas de la dirección de cultura, patrimonio cultural y turismo, una galería que después albergó la Sala de Historia “Aurora Castillo”, y actualmente es ocupada por algunas dependencias del gobierno municipal.