La fecha de erección de la parroquia de San Juan del Río no se tiene con exactitud, pero lo que sí se sabe es que existe desde el siglo XVI.
Gracias a investigaciones del historiador cadereytense Jesús Mendoza Muñoz, sabemos que San Juan del Río era un curato administrado por clérigos seculares del Arzobispado de México, a cuyo arzobispo obedecían en todos sus asuntos de forma directa como prelado apostólico, pues a diferencia de los cuartos cercanos como San Mateo Huichapan, San Pedro Tolimán y Santiago de Querétaro, estos eran administrados a modo de doctrinas por los religiosos franciscanos de las Provincias del Santo Evangelio el primero y los segundos por la Provincia de San Pedro y San Pablo de Michoacán, obedeciendo tanto a los provinciales en lo interior de sus conventos así como a los obispos, en el caso de tener cura de de almas. Los curas párrocos de San Juan del Río también eran ministros de indios, pero a modo de “beneficio”, porque debían ser proveídos con autorización del rey de España como patrono de la iglesia católica en América y en todos sus dominios de ultramar.
En lo eclesiástico, la parroquia de San Juan del Río dependía directamente del Arzobispado de México mientras que Santiago de Querétaro era un curato de doctrina a cargo de los franciscanos de la Provincia de Michoacán. Gracias a documentos del Archivo General de Indias (España) y del Archivo General de la Nación (México) sabemos que, hacia el año 1575, se nombró cura secular para San Juan del Río, sin embargo, el dato más antiguo que se tiene sobre un cura párroco es con el Bachiller Miguel Izquierdo, de fecha 8 de junio de 1598, en una carta poder cuyo original obra en el Archivo Histórico de Querétaro.
Según los registros de la parroquia de San Juan del Río, en el siglo XVII –posterior a Izquierdo- los curas párrocos en San Juan del Río fueron: Pbro. Br. Francisco de Galdo Guzmán (1616 a 1625); Pbro. Br. Andrés Nieto (1625); Pbro. Lic. Alonso de Rivera (1626 a 1636); Pbro. Br. Simón Núñez Bala (1636 a 1675); Pbro. Br. José Moreno Bala. (Vicario encargado) (1675); Pbro. Br. José Yañez Montenegro (1675 a 1678); Pbro. Br. José de Frías Valenzuela (1678 a 1680); Pbro. Br. José Chavero (1680 a 1686); Pbro. Br. Nicolás Flores (1686); Pbro. Dr. Pedro de Ávalos de la Cueva (1686 a 1688); Pbro. Br. Álvaro de Caravallo (1688 a 1689); Pbro. Br. Nicolás Flores (1690 a 1705).
Durante el siglo XVIII los párrocos fueron: Pbro. Br. Álvaro de Caravallo (interino) (1705); Pbro. Lic. Antonio Rincón y Mendoza (1705 a 1731); Pbro. Br. José Ignacio del Mendoza y Granada (1731); Pbro. Br. Pedro Domingo de Zúñiga y Toledo (1731 a 1732); Pbro. Br. José Antonio Estrada y Salvatierra (1732 a 1736); Pbro. Dr. Juan Francisco Saavedra y Xarillo (1736 a 1753); Pbro. Br. Juan Antonio de la Vía Santalices (interino) (1753); Pbro. Dr. Joaquín González de Cothero (1753 a 1761); Pbro. Dr. Juan José González (Vicario encargado) (1761); Pbro. Dr. José Poza (1761 a 1780); Pbro. Br. Mariano Colchado (1780 a 1781); Pbro. Dr. Francisco Díaz Navarro (1781 a 1786); Pbro. Br. José Mariano Ramírez de la Torre (1786 a 1794); Pbro. Dr. Agustín Iglesias (interino) (1794 a 1795); Pbro. Lic. Ignacio Espino Barros (1795 a 1805).
En el siglo XIX fueron: Pbro. Br. Juan Alonso (interino) (1805 a 1807); Pbro. Lic. Cesáreo Martín de los Ángeles –correspondió la independencia en 1821- (1807 a 1824); Pbro. Br. Ignacio Camacho (1824 a 1830); Pbro. Dr. Juan Bautista Ladrón Niño de Guevara (1830 a 1831); Pbro. Br. Antonio Garfias (1831 a 1832); Pbro. Br. J. Ignacio Camacho (1832 a 1846); Pbro. Br. José María Ochoa (1846 a 1849); Pbro. Dr. Miguel Zurita (1849 a 1853); Pbro. Dr. Pedro Ladrón de Guevara (1853 a 1861); Pbro. Dr. José María Mendoza (interino) (1861); Pbro. Dr. José María Flores (interino) (1861 a 1862); Pbro. Dr. Pedro Ladrón de Guevara (1862 a 1865); Pbro. Br. Cipriano L. Contreras (interino) (1865); Pbro. Dr. José María Flores (1865 a 1869); Pbro. Br. Valentín Velázquez (interino) (1869); Pbro. Br. Pedro María Gutiérrez (1869 a 1875); Pbro. Br. Esteban García Rebollo (1875 a 1890); Pbro. Br. Braulio M. Guerra (1890 a 1896); Pbro. Ramón Santoyo (1896 a 1898); Pbro. Pablo Feregrino (1898 a 1901).
Durante el siglo XX fueron párrocos: Pbro. J. Trinidad Cervantes (1901 a 1911); Pbro. Ezequiel Contreras (1911 a 1921); Pbro. Eugenio Villafuerte (1921 a 1929); Pbro. Manuel Arevalo (no tomo posesión por la persecución religiosa) (1929); Pbro. Salvador Salazar (1929 a 1931); Pbro. Francisco Torres (1931 a 1934); Pbro. Cesáreo Munguía Pérez (Vicario ecónomo) (1934 a 1939); Pbro. Guillermo Romero Padilla (1939 a 1946); Pbro. Francisco Paulín Gómez (1946 a 1956); Pbro. Felipe Lavigne Rodríguez (1956 a 1970); Pbro. Luis Landaverde Sánchez (1970 a 1981); Pbro. Cango. Lic. Jorge Martínez Martínez (interino) (1981); Pbro. Francisco Herrera Martínez (1981 a 2000); Pbro. Lic. Guillermo Muñiz Vargas (2000 a 2013); Pbro. Javier Bocanegra Morales (2013 a 2023) y actualmente el cura párroco Pbro. Dr. Jorge Nieto Hernández.